發現研究所（The Discovery Institute）總結了五個給達爾文主義化學和生物進化理論帶來嚴重挑戰的科學領域：
突變更多地是在造成破壞，而不是在建立生物複雜性
達爾文主義進化論依賴於隨機突變，一個沒有目標的、盲目的、無指導的自然主導了這一突變的選擇過程。
但是，這種隨機的、無指導的自然過程往往帶來的是對生物體的傷害，而不是改善生物體或建立複雜性。
正如美國國家科學院生物學家林恩·馬古利斯（Lynn Margulis）所說：「新的突變不會創造新的物種，而是創造出受損的後代。」
同樣，法國科學院前任院長皮埃爾·保羅·格拉斯（Pierre-Paul Grasse）也認爲，「突變的『建設性能力』非常有限」，因爲「無論突變的數量有多大，都不會產生任何形式的進化。」
無指導和隨機的過程無法建立細胞的生物複雜性
我們的細胞有著令人難以置信的複雜性，它們就像使用最先進機械技術的微型工廠一樣，而且人類生產任何東西的複雜性和效率與之相比都相形見絀。
我們的細胞使用微型電路、馬達、反饋迴路、編碼語言，甚至錯誤檢查機制解碼和修復我們的DNA。
而達爾文的進化論難以解釋這種集成複雜性。
正如生物化學家富蘭克林·哈羅德（Franklin Harold）所承認的那樣：「目前對於任何生化或細胞系統進化而言，達爾文主義都無法給出詳細描述，只有各種一廂情願的猜測。」
缺乏中間/過渡物種的化石記錄
總的來說，化石記錄所展現的模式是新生物形態突然爆發，而達爾文主義者所認定的進化過渡物種往往是例外而不是常態。
許多古生物學家已經認識到這一點，比如恩斯特·邁爾（Ernst Mayr）在2000年就解釋說：「新物種通常會突然出現在化石記錄中，與它們的祖先之間沒有一系列中間物種。」
同樣，一本動物學教科書指出，「許多物種在數百萬年內幾乎沒有變化，然後突然消失，被一種完全不同但相關的形式所取代。此外，大多數主要的動物群體在化石記錄中出現得很突然，完全成型，而且還沒有發現任何化石能夠構建一種從母群體而來的過渡。」
生物學家一直未能構建達爾文的「生命進化樹」
生物學家希望DNA證據能揭示出一棵宏偉的「生命進化樹」，藉此所有的生物都有明確的進化關係可以呈現出來。
然而，到目前爲止他們都未能成功。
事實上，如果一個生命進化樹是基於某一個基因或生物特徵構建以描述生物間所謂祖先關係的，那麼它必然會和基於另一個基因或生物特徵所構建的生命進化樹衝突。正如《新科學家》（New Scientist）雜誌所說：「不同的基因講述了矛盾的進化故事。」
著名微生物學家卡爾·沃斯（Carl Woese）解釋說，這種「系統發育」衝突在所有的生命進化樹上都隨處可見，從它的根部到各種類群內部和之間的主要分支，再到主要類群本身的構成。」
這意味著共同血統的崩潰，即所有生物都有一個共同祖先的假說並不成立。
生命的化學起源仍是一個未解之謎
生命起源之謎仍然未能得到解釋，因此現有的化學進化論都面臨著重大問題。
化學進化論的基本缺陷包括：它無法解釋在早期地球的惡劣環境上如何產生「原始湯」，也無法解釋生命所需的信息究竟如何通過盲目的化學反應產生。
正如進化生物學家馬西莫·匹格里奇(Massimo Pigliucci)所承認的那樣：「我們真的不知道生命是如何通過自然的方式在地球上起源的。」
如果想要閱讀更多爲設計論辯護並展示達爾文主義所面對科學挑戰的書籍，請參閱斯蒂芬·邁耶（Stephen Meyer）的《細胞中的簽名：DNA和智慧設計的證據》（Signature in the Cell: DNA and the Evidence for Intelligent Design，2009年出版）和《達爾文的懷疑：動物生命起源大爆炸和智慧設計理論》（Darwin’s Doubt: The Explosive Origin of Animal Life and the Case for Intelligent Design，2013年出版）這兩本書。
智慧設計論最好的入門書籍是道格拉斯·阿克斯的《不可否認：生物學如何證實我們的直覺》（Undeniable: How Biology Confirms Our Intuition that Life Is Designed，2016年出版）。
關於包括與聖經材料和一系列其他互動問題的介紹，見肯尼斯·季斯利（Kenneth Keathley）與馬克·盧克（Mark Rooker）合著的《關於創造和進化的40個問題》（40 Questions About Creation and Evolution，2014）一書。
譯：DeepL；校：JFX。原文刊載於福音聯盟作者博客：5 Areas of Science that Pose Problems for Evolution
